卫生应急指挥系统是在政府的公共卫生信息网络平台上进行功能扩充，将疾病与突发公共卫生事件监测信息、医疗救治信息、卫生监督执法信息和相关信息集中在统一的网络平台上和展示在GIS平台上，采用科学的危机处理方法、先进的信息处理技术和现代的管理手段，实现对突发事件的辨别、处理和反应及对事件处理全过程的跟踪，承担突发事件相关数据采集、危机判定、决策分析，命令部署、实时沟通、联动指挥、现场支持等功能，以在最短的时间内对危机事件做出最快的反应，最有效地动员和调度各种资源，采取最优的措施预案，进行指挥决策。
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